Abritée par la Fondation de France, reconnue d’utilité publique, la fondation Zellidja est soumise à des règles strictes de transparence et de saine gestion : les frais de fonctionnement ne peuvent excéder 15 % des ressources.

Cette économie est possible grâce au bénévolat des anciens lauréats de tout âge, qui contribuent dans toute la France à la promotion des bourses et à la sélection des candidats.

‍Président : Jean-Jacques Walter (petit-fils du fondateur Jean Walter)
‍Délégué général exécutif : Michel Larguier (Lauréat 1971)  

La fondation est dotée d’un Comité exécutif (COMEX), constitué de 11 administrateurs nommés pour 3 ans avec un mandat renouvelable une fois : 5 représentants des fondateurs et des donateurs, 5 personnalités choisies en raison de leur compétence dans les domaines d’action de la Fondation, le président ou la présidente de l’association Zellidja.

Le COMEX se réunit deux fois par an, sous la présidence du Président, piloté par le délégué général exécutif, en présence d’un représentant de la Fondation de France, et d’invités (les présidents des comités consultatifs etc..). Le premier COMEX annuel, au printemps, valide chaque année l’attribution des bourses de voyage et leur montant et décerne les titres de lauréat.es ainsi que des prix et mentions, qui sont remis lors de la cérémonie annuelle. Le second COMEX annuel, à l’automne, examine les bilans financiers, revoit le règlement et l’amende au gré des évolutions socio-économiques observées. 

Le COMEX s'appuie sur 3 comités consultatifs : le comité national de sélection, le conseil d’orientation, et le comité de financement.

Le Comité National Consultatif de Sélection (CNCS) organise la sélection des boursiers parmi les candidats, en s’appuyant sur les jurys régionaux (20 en 2025) avec une attention particulière aux jeunes issus de milieux populaires et ruraux. Il coordonne l’accompagnement des voyageurs par les jurys et propose au COMEX les prix et mentions attribués au cours de la cérémonie. Hélène Decker en est présidente depuis 2024. Elle est secondée par Clément Delacoux pour la coordination des jurys régionaux.

Le Conseil d’Orientation veille à l’évolution des critères d’attribution des bourses, en cohérence avec la vision du fondateur d’origine et des donateurs actuels, et les préoccupations de la jeunesse. Il  rend ses travaux une fois par an au minimum en formulant des avis et propositions en réunion du COMEX. Depuis 2022, il est présidé par Jean-Luc Quemard. En 2023-2024, les réflexions du groupe ont porté sur le bilan carbone (et ont abouti à l’obligation d’un bilan carbone dans tous les voyages Zellidja, ainsi qu’à la publication d’une F.A.Q à visée pédagogique). En 2025, c’est l’intelligence artificielle qui retient l’attention des membres du groupe. 

Le Comité de Financement recherche et négocie de nouveaux partenariats financiers pour assurer le financement des bourses, la fondation étant une fondation de flux (pas de dotation en capital).